Sejarah berdirinya Sekolah Tinggi Teologi Nias (STT Nias) adalah berawal dari gerakan Roh Kudus dalam hati Pdt. Dr. Timotius Gea, M.Th, M.Pd pada tahun 2004, dimana awalnya membuka Sekolah Tinggi dengan nama SEKOLAH TINGGI TEOLOGI INALTA NIAS, yang mana Pdt. Dr. Timotius Gea, M.Th, M.Pd merupakan alumni dari STT-INALTA Jakarta
Dengan antusias yang tinggi dari masyarakat Nias maka proses belajar mengajar berlangsung dengan lancar. Setelah satu semester pembelajaran berlangsung dan diberlakukannya larangan PJJ (Pembelajaran Jarak Jauh) sehingga STT-INALTA Nias harus ditutup.
Kemudian Pdt. Dr. Timotius Gea, M.Th, M.Pd berusaha dan berupaya untuk mempertahankan agar tetap berdiri Sekolah Tinggi Teologi di Nias ini sebagaimana visi yang didapatnya dari Tuhan. Dengan menjalani beberapa tahap dan proses maka SEKOLAH TINGGI TEOLOGI INALTA NIAS diubah menjadi SEKOLAH TINGGI TEOLOGI NIAS.
Dengan badan hukum Yayasan Qadosh Bless Nias (YQBN), Sekolah Tinggi Teologi Nias (STT Nias) kemudian berubah menjadi Yayasan Qadosh Nias (YQN). Oleh karena nama yayasan menganut bahasa asing yang tidak umum maka Yayasan Qadosh Nias (YQN) diminta untuk mengubah nama. Maka dengan kesepakatan seluruh pengurus nama Yayasan Qadosh Nias (YQN) berubah menjadi YAYASAN KUDUS MANDIRI (YKM) pada tanggal 14 Agustus 2006 dengan Ketua Yayasan Tabita Evadyanti Maru’ao, S.Pd, M.Pd, dan pada tanggal 22 Juni 2016 Ketua Yayasan digantikan oleh Adv. Radius Purnawria Hulu, ST, SH, MH, dan Ketua Yayasan yang lama menjadi Pembina Yayasan.
Sekolah Tinggi Teologi Nias telah terakreditas BAN-PT BAN-PT dengan nomor SK :1151/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2015, pada tanggal 14 November 2015. Kemudian perpanjangan akreditasi BAN-PT dengan nomor SK : 7517/SK/BAN-PT/AK-PJJ/S/XI/2020, pada 17 November 2020.
Sekolah Tinggi Teologi Nias (STT Nias) kini telah menamatkan sekian ratus mahasiswa yang tersebar di seluruh kepulauan Nias dan diluar Kepulauan Nias, dan ini merupakan suatu prestasi yang kita banggakan, dimana nama Tuhan Yesus Kristus ditinggikan dan dimuliakan.
